Η Χορωδία της Θεολογικής Σχολής ιδρύθηκε για πρώτη φορά το 1966, ενώ το 1974 οργανώθηκε συστηματικότερα από τον Καθηγητή Αντώνιο Αλυγιζάκη. Η κατά τα τελευταία όμως χρόνια έλλειψη μιας μόνιμης και συγκροτημένης Χορωδίας στη Σχολή μας οδήγησε το 1999 τον τότε κοσμήτορα Καθηγητή Σωτήριο Βαρναλίδη στην απόφαση να συγκροτηθεί εκ νέου η Χορωδία με άρτια οργάνωση και υλικοτεχνική υποδομή, προκειμένου να εκπροσωπεί επάξια τη Σχολή. Έτσι, με πρόταση της κοσμητείας, οργανώθηκε ο χορός ψαλτών αποτελούμενος από ταλαντούχους φοιτητές της Σχολής, με την ονομασία «Χορωδία της Θεολογικής Σχολής – Οι Τρεις Ιεράρχες», αφού η πρώτη μεγάλη εμφάνισή του έγινε στην αίθουσα Τελετών του Πανεπιστημίου στην εορτή των τριών μεγάλων αυτών αγίων.
Πρωταρχικός σκοπός του χορού είναι η συμμετοχή και η άρτια ψαλμώδηση των ακολουθιών που τελούνται στο ναό της Αγίας Τριάδος της Θεολογικής Σχολής κάθε Πέμπτη, αλλά και άλλες μέρες, οι οποίες περιλαμβάνουν μια σειρά δεκαπέντε περίπου αρχαϊκών και μεταγενέστερων λειτουργιών και άλλων ακολουθιών. Με τον τρόπο αυτό έρχονται σε επαφή οι φοιτητές της Σχολής με την παράδοση και τον πλούτο της ορθόδοξης λατρείας και τους διάφορους λειτουργικούς τύπους και επιβεβαιώνεται η αδιάρρηκτη συνέχεια της λατρευτικής ζωής και της ευχαριστιακής προσφοράς των πιστών προς τον Τριαδικό Θεό.
Ωστόσο, εκτός από αυτό, και κατά τα πρότυπα των χορών ψαλτών της ιστορίας της ψαλτικής τέχνης, η Χορωδία ασκείται και παρουσιάζει σε ακολουθίες ή και σε σχετικές μουσικoλογικές συνάξεις, εντός ή εκτός της Θεσσαλονίκης, βυζαντινά και μεταβυζαντινά μέλη κορυφαίων εκκλησιαστικών μελοποιών. Είναι μια προσπάθεια σπουδής των μελών του χορού και παρουσίασης στο ευρύ κοινό των θησαυρών της πολύ σημαντικής αυτής εκκλησιαστικής-πολιτιστικής δημιουργίας και έκφρασης του ελληνορθόδοξου πολιτισμού, που αποδεδειγμένα σημάδεψε καίρια το παγκόσμιο μουσικό γίγνεσθαι ως ο μακροβιότερος γραπτός μουσικός πολιτισμός (από τον 9° αιώνα και εξής). Κυρίως όμως η δραστηριότητα της Χορωδίας – χορού ψαλτών της Θεολογικής Σχολής «Οι Τρεις Ιεράρχες» αποβλέπει στην ορθή – κατά την έννοια της υπεύθυνης εκκλησιαστικής διακονίας και της εκφραστικής και ιεροπρεπούς μουσικής επένδυσης του υμνογραφικού λόγου – προσομιλία των πιστών με τον Τριαδικό Θεό, με την ικεσία, την παράκληση, την ευχαριστία και τη δοξολογία.
Η Χορωδία διευθύνεται από τον πρωτοπρεσβύτερο Σπυρίδωνα Αντωνίου, Επίκουρο Καθηγητή της Βυζαντινής Μουσικολογίας και Ψαλτικής Τέχνης του Τμήματος Ποιμαντικής και Κοινωνικής Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.